Tochter der Anna Elisabeth geb. Krüger und des Organisten und Komponisten Johann Gotthilf Ziegler. Ihr Onkel, der Mediziner Johann Gottlieb Krüger, förderte ihr Interesse an Literatur, Philosophie und Naturwissenschaften. Ebenso dessen Schüler, der Arzt und Schriftsteller Johann August Unzer, den sie 1751 heiratete und mit ihm nach Altona zog. Johanne Charlotte Unzer wurde zum Ehrenmitglied der Deutschen Gesellschaften in Helmstedt und Göttingen ernannt und empfing aus den Händen ihres Onkels, der damals Prorektor in Helmstedt war, im Jahre 1753 den Lorbeerkranz einer »Kayserlich gekrönten Dichterin«.
Sie veröffentlichte neben drei Gedichtbänden: »Versuch in Scherzgedichten« (1751), »Sittliche und zärtliche Gedichte« (1754), »Fortgesetzte Versuche in sittlichen und zärtlichen Gedichten« (1766), auch philosophische Schriften: »Grundriß einer Weltweißheit für das Frauenzimmer« (1751), »Grundriß einer natürlichen Historie und eigentlichen Naturlehre« (1767).